将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！　　这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！　　神龟们又处于备战状态了...

被解雇的报社女记者安·米歇尔伪造了一封信给报社，署名“约翰·杜伊”（即无名氏），信上表示对这个充满恶瘤的社会充满失望，决心要自杀。报社为此不得不重新聘用了安来调查此事。然而，没想到此事最终引发了一场政治运动……...

泰利（斯蒂夫·古根伯格 Steve Guttenberg 饰）是一名编剧，在妻子去世后，他和儿子乔丹（米克·休吉斯 Miko Hughes 饰）过着相依为命的生活。陪伴着两人的，还有一条名叫宙斯的小狗，宙斯可爱聪明又活泼，常常带给父子两人快乐，主仆之间的感情非常的坚实。　　玛丽（凯瑟琳·奎南 Kathleen Quinlan 饰）住在泰利家隔壁，她是一名专门研究海豚的海洋科学家，玛丽保护着一条名为...